Катедрата по Обща и приложна Хидробиология при Биологически факултет на СУ “Св. Кл. Охридски” се обособява като самостоятелно звено през 1950г. Неин инициатор е проф. Александър Вълканов, създател на хидробиологичната школа в България. След него Катедрата е ръководена последователно от доц. Ангел Ангелов (1960-1973), проф. Цоло Пешев (1973-1977), доц. Маргарита Михайлова (1978-1984), проф. Никола Маргаритов (1984-1996), проф. Райчо Димков (1996- 2008). От 2008 г. за ръководител е избрана доц. Яна Топалова.

През цялото си половинвековно съществуване Катедрата неотклонно работи за подготовката на хидробиологични и ихтиологични кадри, за фундаментално и приложно утвърждаване на два специфични дяла от биологическата наука. Дългогодишни преподаватели в Катедрата са били доц. В. Тишинова – ихтиотоксиколог, доц. Б. Маринов- ихтиолог, проф. В. Найденов- хидробиолог, доц. С. Ковачев- хидробиолог. За тези десетилетия в Катедрата са защитени стотици дипломни работи и десетки дисертации. През последните години се развива и едно трето направление в работата на Катедрата - биологичното пречистване на водите със застъпени приложните елементи на контрол и управление на качеството на ресурсите.

Катедрата осъществява обучение на студенти в бакалавърската и магистърска степен в три съвременни направления- хидробиология, биологично пречистване на водите и аквакултури. Магистърското обучение по Приложна хидробиология и аквакултури е организирано на модулен принцип. Освен това Катедрата е водещо звено в извеждането на интердисциплинарната магистърска програма по Екологична биотехнология - най-старата и утвърдена магистратура на БФ.

Към катедрата има обособени специализирани лаборатории- по Хидробиология, Ихтиология и аквакултури и по Пречистване на водите с екологична биотехнология. Тези лаборатории са обзаведени с апаратура за контрол и управление на качеството на водите според изискванията на ISO 14000. От създаването си до днес Катедрата поддържа връзки и сътрудничество с редица държавни, кооперативни и научни структури и с частни фирми у нас и в чужбина, имащи за предмет на дейност опазване и управление на природните води, дизайн и внедряване на ефективни процеси в пречиствателните съоръжения от различен тип, съвременни технологии за развитие на аквакултурите. Тя поддържа ползотворни делови контакти с фирмите Миролио-ЕАД, Проте-БГ, Coats-BG, Агенция по рибарство, Институт по рибни ресурси, Институт по микробиология- БАН, Институт по зоология, Институт по Океанология- БАН, Национален статистически институт.